水质与水生态研究中心建设有完善的仪器分析平台，包含近20台国外进口大型分析仪器和各类小型精密仪器。国外进口大型分析仪器包含有：QTRAP5500型超高效液相色谱/串联质谱仪（Sciex）、7890B-5977B型气相色谱-质谱联用仪（Agilent）、5110VDV型电感耦合等离子体发射光谱仪 （Agilent）、ASAP2020 PLUS HD88 型比表面积及孔径分析仪（Micromeritics）、Integrion型离子色谱仪（ThermoFisher ）、Alliance e2695型高效液相色谱仪（Waters）、7800型电感耦合等离子体质谱仪（Agilent）、Breeze 2 HPLC型凝胶渗透色谱仪（Waters）；TOC-L型总有机碳分析仪（Shimadzu）、U-3900型紫外可见分光光度计（Hitachi）、Nicolet iS50型傅立叶变换红外光谱仪（Thermo Scientific）、490 MicroGC型气相色谱仪（Agilent）、Unilab Pro SP 型手套箱工作站（Mbraun）、Reference600+型电化学工作站（Gamry）、 Pgstat302N型电化学工作站（Metrohm Autolab）、Omni型Zeta电位&激光粒度仪（Bruker）、Spark型酶标仪（Tecan）；各类小型精密仪器：Thermo Orion 多参数水质分析仪、SPX-250B 型生化培养箱 、MGC-350HP 型人工气候培养箱、固相萃取装置、3-18KS 型冷冻离心机、DL-CJ-1NDII 型洁净台、KW-4A型匀胶机等。